Крипта Заслужених знаходиться в підземеллях костьолу Паулінів на Скалці (Paulinów na Skałce). На сьогодні то один із найвідоміших Національних пантеонів в Польщі.
Історія самого костьолу на Скалці, своїм корінням сягає в часи середньовіччя. За переказами, саме тут прийняв свою смерть, святий Станіслав, від руки короля Болеслава Сміливого (Bolesława Śmiałego). Після причислення Станіслава Скалка (Stanisława Skałka) до лику святих, це місце стало популярним серед паломників. У ХІV ст. тут було побудовано готичний костел, який у середині ХVІІІ ст. був повністю реконструйований у стилі бароко. І лише 70-х роках ХІХ ст. у середовищі польської інтелегенції з’явилася ідея створити на Скалці Крипту Заслужених. Реалізація того проекту наступила у 1980 р., коли тут поховали Яна Длугоша (Jana Długosza), у день 400 річчя його смерті. Скалка на рівні із Вавелем стала черговим Національним пантеоном, із тією різницею, що на Вавелю, головним чином, були поховані королі і герої битв за незалежність Польщі, а Скалка стала місцем поховання видатних культурних діячів.
Після Яна Длугоща, в Крипті Заслужених на Скалці були поховані: Вінсент де Поль, Луціан Сіменський, Юзеф Ігнацій Крашевський, Теофіл Ленартович, Адам Асник, Генрих Семірадський, Станіслав Виспянський, Яцек Малчевський, Кароль Шимановський, Людвіг Сольський, Тадеуш Банахевич і Чеслав Мілош.
У 2009 р. отці Пауліни відкинули ідею розширення Крипти Заслужених, а згодом постановили створити новий пантеон. У 2010 р. з’явилася Фундація «Національний Пантеон», а місцем для нового пантеону стало підземелля костьолу святого Петра і Павла на вул. Гродській.